Die Größe des Primärtumors ist ein wichtiger Faktor bei der Bestimmung des Risikos. Je größer ein Tumor bei der Entfernung ist, desto länger – oder schneller (siehe Mitoserate) – ist er gewachsen und hatte somit mehr Zeit – oder aggressivere Zellen – ,um einzelne Tumorzellen abzusondern, damit diese sich als Metastasen an anderen Stellen im Körper ansiedeln können.
In der Literatur finden sich viele Hinweise, dass gerade ältere Menschen sogar sehr häufig (20-30% der Menschen) kleine GISTs im Magen haben, die aber keine weitere Behandlung erfordern. Sogenannte Mikro-GIST mit einer Größe von unter 2 cm. Für alle anderen Locations gilt aber, GIST egal wie groß, sollte chirurgisch entfernt werden.
Generell gilt, je kleiner der Tumor bei der Operation, desto geringer das Risiko eines späteren Rezidivs oder Metastasen. In der Literatur wird meist zwischen <2 cm, <5 cm, <10 cm und alles, was größer als 10 cm ist unterschieden.